W celu zapewnienia maksymalnej sprawności systemu realizacji Narodowej Strategii Spójności certyfikacja płatności wobec Komisji Europejskiej dokonywana jest przez działającą w strukturze ministerstwa właściwego do spraw rozwoju regionalnego Instytucję Certyfikującą, funkcjonalnie niezależną od Instytucji Zarządzającej. W przypadku regionalnych programów operacyjnych Instytucja Certyfikująca delegowała na podstawie zawartego porozumienia część funkcji związanych z certyfikacją do Urzędów Wojewódzkich - Instytucji Pośredniczącej w Certyfikacji.
Regulacje prawne związane z systemem wdrażania Regionalnego Programu Operacyjnego dla Województwa Pomorskiego:
Rozporządzenie Rady (WE) nr 1083/2006 z dnia 11 lipca 2006 r. ustanawiające przepisy ogólne dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego i Funduszu Spójności i uchylające rozporządzenie Rady (WE) nr 1260/1999 (Dz. U. UE L 210 z dnia 31 lipca 2006 r. z późniejszymi zmianami);
Rozporządzenie (WE) nr 1080/2006 Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 5 lipca 2006 r. w sprawie Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego i uchylające rozporządzenie (WE) nr 1783/1999 (Dz. U. UE L 210 z dnia 31 lipca 2006 r. z późniejszymi zmianami);
Rozporządzenie Komisji (WE) nr 1828/2006 z dnia 8 grudnia 2006 r. ustanawiające szczegółowe zasady wykonania rozporządzenia Rady (WE) nr 1083/2006 ustanawiającego przepisy ogólne dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności oraz rozporządzenia (WE) nr 1080/2006 Parlamentu Europejskiego i Rady w sprawie Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego (Dz. U. UE L 371 z dnia 27 grudnia 2006 r. z późniejszymi zmianami);
Ustawa z dnia 6 grudnia 2006 r. o zasadach prowadzenia polityki rozwoju (Dz. U. nr 84, poz. 712 z późniejszymi zmianami);
Ustawa z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (Dz. U. nr 157, poz. 1240 z późniejszymi zmianami) oraz akty wykonawcze do tej ustawy;
Narodowe Strategiczne Ramy Odniesienia 2007-2013 (NSRO 2007-2013) wspierające wzrost gospodarczy i zatrudnienie (Narodowa Strategia Spójności), dokument zaakceptowany przez Radę Ministrów w dniu 29 listopada 2006 r. i zatwierdzony decyzją KE z dnia 7 maja 2007 r.;
Regionalny Program Operacyjny dla Województwa Pomorskiego na lata 2007-2013, CCI2007PL161PO015, dokument przyjęty decyzją Komisji Europejskiej nr K(2007)4209 z dnia 4 września 2007 r., a następnie zmieniony decyzją nr K(2010)6061 z dnia 3 września 2010 r. oraz decyzją nr K(2011)8615 z dnia 28 listopada 2011 r.
Wytyczne Ministra Rozwoju Regionalnego wydawane na mocy art.35 ust.3 ustawy o zasadach prowadzenia polityki rozwoju;
Porozumienie w sprawie przekazania zadań z zakresu certyfikacji prawidłowości poniesienia wydatków w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego dla Województwa Pomorskiego oraz przeprowadzania kontroli u kontrolera I stopnia w ramach programów Europejskiej Współpracy Terytorialnej zawarte pomiędzy Ministrem Rozwoju Regionalnego a Wojewodą Pomorskim.
