W okresie swojej świetności Gdańsk wypracował sobie wyjątkową pozycję w Rzeczypospolitej (tak nazywano federację Królestwa Polskiego i Wielkiego Księstwa Litewskiego). Prusy Królewskie, w których leżał Gdańsk, były autonomiczną prowincją Rzeczypospolitej. Miały własny organ samorządowy, Sejmik Pruski, w którym przedstawiciele Gdańska mieli znaczący głos. Królewskie przywileje dały Gdańskowi m.in. prawo do otwierania i zamykania żeglugi, pobierania od cumujących w porcie statków, tzw. palowego, którego jedynie część trafiała do królewskiej szkatuły.

Bardzo silna pozycja gospodarcza i polityczna miasta wzmocniła poczucie niezależności gdańszczan. W II połowie XVI w. potęga miasta stanowiła już pewien problem dla władz Rzeczypospolitej. Wraz z przekształcaniem się średniowiecznego, stanowego Królestwa Polskiego w nowożytną, rządzoną przez szlachtę Rzeczypospolitą, przywileje Gdańska, o genezie średniowiecznego immunitetu, zaczęły kolidować z dążnością króla i sejmu, reprezentującego interesy szlachty, do przejęcia kontroli nad całokształtem polityki zagranicznej i gospodarczej państwa. Głównym przedmiotem sporu była kwestia nałożenia ceł na gdański handel oraz stacjonowania floty królewskiej w porcie gdańskim.

W Gdańsku wytworzono w tym czasie doktrynę republiki mieszczańskiej, o rodowodzie północnowłoskim, według której Gdańsk wyobrażano sobie jako prawie niezależną republikę miejską wzorowaną na podziwianej Wenecji. Rozwój tego typu idei możliwy był w atmosferze wolności, tolerancji i poszanowania lokalnych separatyzmów, jaka panowała w Rzeczypospolitej. Szlachta polska, podobnie jak gdańszczanie, pilnowała swoich wolności, bała się wzmocnienia władzy królewskiej (absolutum dominium) i mimo sprzecznych niekiedy interesów, w konflikcie z Gdańskiem nie popierała króla z pełnym zaangażowaniem. Ostry konflikt z królem Zygmuntem Augustem, próbującym ściślej podporządkować Gdańsk centralnym władzom państwa oraz utworzyć tu stałą bazę królewskiej floty wojennej, przekształcił się w latach 1576-1577 w otwartą wojnę z jego następcą – Stefanem Batorym. Z konfliktów tych miasto wyszło, mimo pozornych ustępstw, wzmocnione i jeszcze bardziej samodzielne.

Gdańsk stał się przystanią dla wielu wybitnych przedstawicieli kultury europejskiej. Tworzyli tu swoje dzieła znakomici architekci, rzeźbiarze, graficy, pracowali słynni naukowcy, ludzie pióra. Gdańsk zapewniał bezpieczeństwo, styl życia na poziomie europejskiej metropolii, a także sprzyjające warunki dla rozwoju artystycznego i intelektualnego. Na przełomie XVI i XVII w. przybysze z Niderlandów i Saksonii (m. in. Antoni van Opberghen, Abraham i Wilhelm van den Block, Jan Kramer) stworzyli najznakomitsze dzieła gdańskiego renesansu. Z Gdańska pochodzili także wybitni przedstawiciele europejskiej nauki – Filip Cluever, Jan Heweliusz, Gabriel Daniel Fahrenheit. Ważną pozycję w polskiej historiografii zdobył Gotfryd Lengnich. W Gdańsku spędził ostatnie lata życia jeden ze współtwórców nowożytnej poezji niemieckiej, sekretarz króla Władysława IV, Martin Opitz. Sławni byli wybitni rytownicy XVII w. – Jeremiasz Falck i Wilhelm Hondius.

Gdańsk, jako jedyne wielkie w skali europejskiej miasto Królestwa Polskiego, znaczący ośrodek rzemiosła artystycznego i sztuk pięknych, wywierał wpływ na kształtowanie się gustów artystycznych w całej Rzeczpospolitej. Wyrazem snobizmu było posiadanie w swym wyposażeniu mebli gdańskich. Malarstwo gdańskie reprezentowane m. in. przez Hermanna Hanna, Daniela Schulza, Bartłomieja Strobla znajdowało zbyt na dworze królewskim, dworach możnowładców, wśród instytucji kościelnych. Z warsztatów gdańskich rozchodziły się na całą Polskę wyroby snycerzy, medalierów, złotników i bursztynników gdańskich. Spośród nadbałtyckich miast jedynie Kopenhaga mogła równać się z Gdańskiem. Historyczne centrum miasta uzyskało w tym okresie kształt, który przetrwał następne stulecia i który można podziwiać do dziś, dzięki zachowaniu zespołu urbanistycznego Głównego Miasta.

Gdańsk często porównywany jest z innymi metropoliami basenu Bałtyku. Ale zapomina się o ich znacznie późniejszej genezie, związanej z dobą oświecenia. Dlatego, pisząc o uniwersalnej wartości Gdańska, podkreślić trzeba w tym kontekście, że Kopenhaga, Sztokholm czy Sankt Petersburg były stolicami silnych monarchii, które traktowały je jako wizytówki swej potęgi, na którą pracował cały kraj. Gdańsk był znakiem, że to samo może osiągnąć demokratyczna społeczność, kiedy otrzyma możliwości ekonomiczne i wystarczającą wolność.

Strategiczne położenie miasta panującego nad ujściem Wisły wymagało odpowiednich zabezpieczeń. Gdańsk wraz z ujściem Wisły został zamieniony w potężną twierdzę. W 1594 r. ukończono prace nad fortyfikacjami bastionowymi frontu zachodniego. Rozbudowę nowego pierścienia obwałowań ciągu wschodniego rozpoczęto w 1619 r. budową Śluzy Kamiennej oraz bastionów Wilk i Żubr. Pod kierownictwem inżyniera niderlandzkiego Percevala i według jego projektu z 1650 r. wykonano do 1655 r. nowy ciąg obwarowań na górujących nad miastem wzgórzach. Dzięki temu w obrębie miejskich wałów znalazły się dotychczasowe przedmieścia.

Fortyfikacje, którymi otoczyło się miasto, należały do najsilniejszych w Europie (w znacznym stopniu są zachowane do dzisiaj). Królowie Szwecji Gustaw Adolf, Karol X Gustaw i Karol XII, prowadzący z Polską w XVII i XVIII w. wojny, nie zdecydowali się nawet podjąć poważnych prób ich zdobycia. Słynne w całej ówczesnej Europie oblężenie miasta przez wojska rosyjsko-saskie w 1734 r. zakończyło się sukcesem oblegających bardziej ze względów strategicznych i politycznych niż czysto militarnych.

W XVIII w. nastąpiło załamanie handlu zbożowego (polskie zaplecze miasta zostało wyniszczone wojnami oraz zmieniły się kierunki handlu), lecz Gdańsk pozostał aż do II połowy stulecia największym polskim miastem, liczącym się w Europie portem oraz szeroko promieniującym ośrodkiem kultury (z Gdańska pochodzili Artur Schopenhauer i Daniel Mikołaj Chodowiecki). Liczba ludności miasta zaczęła na przełomie wieków XVII i XVIII zmniejszać się wskutek spadku koniunktury handlowej, wojen i epidemii. W 1730 r. miasto liczyło 48 tys. mieszkańców, w połowie XVIII w. – o 2 tys. mniej.

Jak wielką rolę odgrywał Gdańsk w świadomości ludzi rządzących ówczesną Europą, świadczą kolejne próby zawładnięcia miastem przez Prusy. Nie udało im się to do końca XVIII w., nie tylko ze względu na opór słabnącej w tym czasie Polski, ale także z powodu stałego sprzeciwu państw morskich (Anglia, Holandia) oraz Rosji (mającej również apetyt na miasto), które doceniały w pełni gospodarcze, militarne i polityczne znaczenie Gdańska i obawiały się, aby przyłączenie miasta nie doprowadziło do nadmiernego wzrostu potęgi Prus i utrudnień w handlu bałtyckim.